Het ontstaan moet ergens in de achtste eeuw liggen. De oudste vermelding van de dorpsnaam heeft betrekking op de kerk van ‘Holeuurt’, die volgens een 11e-eeuwse kerkenlijst tot de toenmalige bezittingen van de Abdij Echternach behoorde.

De kerk heeft een opvallende ligging; oorspronkelijk buitendijks op een eigen terp, los van de langwerpige dorpsterp die zich ten zuidoosten daarvan bevindt. Het oude dorp is gebouwd op verschillende terpen en is over de oude zeedijk heen gebouwd. De huidige zeedijk dateert uit 1580 en ligt ruim een kilometer ten noordwesten van het dorp.
De gedeeltelijk buitendijkse ligging voor 1580 heeft een haven- en marktfunctie voor het dorp mogelijk gemaakt. Holwerd ontvangt met twee andere dorpen (Harich, Kornwerd) naast de Friese steden het marktrecht in 1453.

Bedrijvigheid
De geschiedenis geeft aan dat er voorheen vijf jeneverbranderijen in het dorp gevestigd waren en in het begin van de 18e eeuw ook drie bierbrouwerijen. Tot 1750 zou de visserij van belang zijn geweest. Nu is het dorp bekend van de veerdienst naar Ameland. De aanwezigheid van niet-agrarische bedrijvigheid in het dorp is van invloed geweest op de bebouwing.

Bebouwing
De langgerekte en tamelijk dichtbebouwde dorpskern bestaat voor een belangrijk deel uit woonhuizen; daarnaast waren er in het dorp en directe omgeving verschillende states. De typerende stoepen voor de huizen aan de Hegebuorren zijn volgens de gemeenteverslagen in de jaren zeventig van de vorige eeuw ontstaan nadat het straatniveau daar ongeveer 75 cm werd verlaagd om de helling van de straat over de terp kleiner te maken. In het begin van de 20e eeuw werd door de Friesche Lokaalspoorweg Maatschappij de lijn Leeuwarden-Dokkum aangelegd waarvan het tracé ten zuidoosten van het dorp liep. Tot in de jaren dertig vond er personenvervoer plaats, in 1974 werd ook het goederenvervoer opgeheven.

De toekomst
Zorgen zijn er over verschillende karakteristieke panden in het beschermde dorpsgezicht die door geen of slecht onderhoud aan het verpauperen zijn en voor toekomstige generaties verloren dreigen te gaan. Door de bewoners wordt in gezamenlijkheid gewerkt aan de het ontwikkelingsperspectief van het dorp, middels het ambitieuze projectplan Holwerd aan Zee. Op de plek waar men vijftig jaar geleden de Waddenzee verder wilden inpolderen, is een plan ontstaan in tegenovergestelde richting, waarbij de natuurlijke dynamiek juist meer ruimte krijgt en de waterhuishouding verbetert. Een open vaarverbinding met het water moet voor het dorp en de regio zorgen voor behoud aan leefbaarheid.

Wordt Holwerd aan Zee werkelijkheid dan verandert Holwerd in een recreatief-toeristisch centrum met regionale uitstraling. De op de terp gelegen dorpskern van Holwerd komt weer terug aan het water te liggen en de robuuste Holwerter Toer wordt als lichtbaken in ere hersteld.